Khi trẻ không có biểu hiện lâm sàng thì không cần phải điều trị đặc hiệu. Các phương pháp điều trị có thể là điều trị nội khoa, thông tim can thiệp hoặc phẫu thuật tim hở có hỗ trợ tuần hoàn ngoài cơ thể.

TLT ở nhũ nhi có thể được điều trị nội khoa với các thuốc glycoside trợ tims (ví dụ: digoxin 10-20mcg/kg/ngày), lợi tiểu quai (ví dụ: furosemide 1–3 mg/kg/ngày) và các thuốc ức chế men chuyển (ví dụ: captopril 0.5–2 mg/kg/ngày).

Các trường hợp cần phải can thiệp điều trị bao gồm:

1. Suy tim không đáp ứng với điều trị nội khoa

2. Thông liên thất có kèm hẹp phổi

3. Thông liên thất lỗ lớn gây tăng áp động mạch phổi

4. Thông liên thất kèm hở van động mạch chủ

Đối với phương pháp điều trị bằng phẫu thuật thì trẻ cần được gây mê toàn thân, mở xương ức, chạy tuần hoàn ngoài cơ thể.

Thông tim can thiệp đóng lỗ TLT là một phương pháp ít xâm nhập hơn vì không cần mở ngực, mở tim và có thể thực hiện trong lúc tim vẫn đập tuy nhiên chỉ có thể chỉ định được trong một số trường hợp mà thôi. Đóng lỗ thông liên thất bằng thông tim can thiệp hoặc phẫu thuật tim hở đều có thể có nguy cơ gây tổn thương hệ thống dẫn truyền trong tim và gây nên blốc nhĩ thất ở các mức độ khác nhau.